Den nuvarande kyrkan uppfördes 1891 och ersatte då den äldre kyrkan Helena Elisabeth. Helena Elisabeth (byggd 1802) men som idag står återuppförd vid Västerbottens museum på Gammlia i Umeå.

På Holmön har kyrkogård funnits lika länge som människor nyttjat platsen för fiske och jakt. Öns äldsta kyrkogård återfinns strax söder om byn på Orrskäret. En markerad stig leder hit från byn.

Sommartid hålls gudstjänster varannan helg. Ibland hålls också frilufts- och musikgudstjänster. I kyrkan finns många äldre föremål och gåvor bevarade. Här finns minnen från krig och förlisningar, t.ex. en rysk ikon från 1809 års krig och en vapensköld från en förlisning 1819.

Tidigare skedde all klockringning uppe i kyrktornet för hand. Bygnaden har genom tiderna förändrats som resultat av upprustningar. Den nuvarande klockstapeln byggdes på 1980-talet. Klockan som idag ringer användes tidigare som varningsklocka vid dimma men var då placerad intill Berguddens fyr.